Es el año 2043, la tecnología ha avanzado considerablemente, y ahora, los juegos MMORP de realidad virtual son intensos y permiten a los usuarios usar todos sus sentidos.
Hoy, Reiji entra al mundo de Infinite Dendrogram por primera vez, crea un avatar para el juego bajo el nombre de “Ray Starling”, y no pasa mucho tiempo antes de que se tropiece, literalmente, con los problemas.
Una joven oficial está buscando a su pequeña hermana, Reiji no se da cuenta de que ella es un personaje del juego y comienza a preguntarse cómo podría ayudarla; sin embargo, él es solo un jugador novato.
Más tarde, se encuentra con su hermano Shuu, quien lleva un traje de oso mientras entretiene a los niños alrededor de una fuente. De alguna manera, Reiji sabe que el personaje es su hermano y se acerca a él.
Mientras discuten sobre el juego, Reiji le pregunta a Shuu sobre su extraño encuentro, si es común y por qué, de repente aparece como si se hubiera unido a una búsqueda en el juego.
Shuu trata de explicarle el funcionamiento del juego a su hermano, este no es solo otro juego de realidad virtual con infinitas posibilidades, en realidad se trata de emular la realidad, y a veces puede ser duro, la muerte es parte de la experiencia, y si los personajes no son jugadores mueren, nunca volverán.
Después de eso, Reiji se siente decidido a ayudar, no querría poner fin a la existencia de alguien en juego por su culpa.
Shuu comparte algunas pociones curativas con él, y parten hacia el bosque más cercano, donde distintas bestias los esperan. Tan pronto como aparecen, observan a la oficial que Reiji conoció anteriormente, y está muy ocupada luchando por mantener a su hermana a salvo.
¿Pero por qué la pequeña salió sola al bosque? Debido a que alguien compró toda la fruta en la ciudad, la niña fue a buscar bayas para prepararle un pastel de cumpleaños a su hermana mayor, y ahora, con la ayuda de Shuu y Reiji, intentarán sobrevivir a este reto.
Shuu es fuerte y le dice a su hermano que ayude a las chicas, sin embargo, la oficial también es un personaje fuerte y comienza a pelear. Reiji decide tomar a la hermana menor e intentar alcanzar la salida; sin embargo, otra criatura los comienza a atacar.
Sin ningún poder, Reiji está a punto de perder su vida en el juego, pero más importante para él, el NPC ya no existirá si es derrotado. En ese momento, recuerda que un embrión, fue implantado en él al iniciar el juego, lo que le permitiría elegir un compañero de batalla.
Antes de que Reiji sea golpeado, su compañera está lista, se llama Némesis y se transforma en una espada con la capacidad de evolucionar según el progreso de Ray a lo largo del juego. Gracias a ella, la búsqueda se despeja y ambos hermanos pueden descansar por fin.
(インフィニット・デンドログラム)