En este mundo, un misterioso virus conocido como el virus A está infectando a las niñas, una vez detectado, cambia sus vidas y destruye cualquier vínculo familiar que tengan. De repente, se convierten en una amenaza para la sociedad, o un arma.
Mamori es una niña inocente e ingenua que, a temprana edad, escuchó a sus padres hablar sobre su enfermedad. Sin embargo, no prestó mayor atención, hasta el día en el cual fue secuestrada y enviada a la isla Mermaid.
Confundida, comienza a pensar que ha sido abandonada en una isla desierta, pero cuando se topa con un par de mujeres jóvenes en traje de baño, se siente aliviada. Desafortunadamente para ella, no están en la playa como comité de bienvenida, sino para probar que tan peligrosa puede ser.
Sin previo aviso, ambas mujeres comienzan a besarse y acariciarse, Mamori está en estado de shock, incapaz de comprender la situación. En un instante, una de las mujeres se transforma en un arma y empiezan a atacarla. En ese momento, un extraño barco golpea la orilla, dentro hay otra estudiante llamada Mirei.
Ella es capaz de evaluar la situación de inmediato, y no duda en sacar a Mamori del peligro, Mirei parece entender exactamente lo que está sucediendo y decide robarle un beso a Mamori, quien también se transforma en un arma.
Todo es nuevo para Mamori, quien desconoce que su nivel de poder es mucho mayor que el de los otros habitantes de la isla Mermaid; y por alguna razón, es totalmente compatible con Mirei.
Por su parte, Mirei es una joven silenciosa e inteligente, con el poder de un Liberator, capaz de manejar cualquier arma, y Mamori parece perfecta para ella. Ella se vuelve muy protectora con Mamori y usa su poder para ayudarla.
A pesar de tener una apariencia madura, en realidad es un año más joven que Mamori, y es un ex soldado, miembro de una unidad militar experimental.
(ヴァルキリードライヴ マーメイド)
