Un día, Koutarou Satomi se muda a un cuarto en la ciudad, inicia clases de preparatoria, pero por algunas circunstancias no puede vivir en los dormitorios de la escuela.
En Corona House, encuentra el cuarto 106, y parece perfecto, en especial porque es muy barato. Pero al instante, encuentra algunos problemas. Sanae Higashihongan, un fantasma lo considera un estorbo.
Sanae usa sus poderes y comienza a hacer ruidos extraños, pero Koutarou duerme profundamente y no los percibe en absoluto. El siguiente día, en su trabajo eventual, su mejor amigo le comenta sobre los rumores acerca de su nuevo cuarto. Y le dice que hay un fantasma en éste.
Eso no es todo, un día más tarde, una extraña joven, Yurika Nijino, comienza a seguirlo. Yurika dice ser una bruja verdadera. No obstante, por su apariencia y torpeza, es difícil creerlo.
Por la tarde, Koutarou asiste a su nuevo club, el de tejido y costura, en donde la presidenta, Harumi Sakuraba, le da la bienvenida. Aun cuando los clubes deportivos quieren que Koutarou se una, éste dice tener algo importante que lograr, por lo cual debe aprender a tejer.
De regreso en casa, por fin conoce a Sanae, pero ella termina más sorprendida al ver que Koutarou puede verla, e incluso tocarla. Así, comienza una batalla, y ella le demuestra sus poderes.
De repente, Yurika aparece volando en una escoba, y solicita que le entreguen el cuarto. Les indica que algo terrible está por ocurrir, y que debe salvar al pueblo. Pero antes de que pueda explicarse, aparece Kiriha Kurano, una descendiente de la gente de la tierra, e indica que necesita el cuarto para preparar el regreso de su pueblo a la superficie.
Finalmente, Theiamillis Gre Fortorthe, una alienígena y princesa del planeta Fortothe se presenta. Y les indica que necesita el cuarto 106 para demostrar que es digna de ser la sucesora al trono.
A Koutarou no le importa lo que digan, él encontró un apartamento barato, y no lo dejará a ningún precio.
(六畳間の侵略者!?)
