En una versión alternativa de Japón, el sistema de ferrocarriles sigue perteneciendo al gobierno. Naoto Takayama aspira a convertirse en un conductor de trenes.
El día ha llegado, y Naoto empieza su preparación en un centro de entrenamiento. En el cual conoce a Aoi Sakurai, Haruka Koumi y Shou Iwaizumi.
Rápidamente se hacen amigos y forman un grupo para participar en distintas actividades, incluyendo prácticas de tiro. Una de sus pruebas incluye alimentar de carbón a una locomotora, al final son el único equipo en alcanzar la meta de velocidad para pasar la prueba.
Durante su último entrenamiento, lo hacen en una estación de verdad, y terminan atrapando a un par de delincuentes. Gracias a lo cual, son asignados a un entrenamiento avanzado en el lugar.
A primera vista, Naoto es débil y poco confiable, especialmente ante los ojos de Aoi, quien adora el entrenamiento duro, la acción y la violencia.
De alguna forma, Naoto termina como becario en el área de seguridad, y más aun, se convierte en el líder del equipo.
Conforme avanza la historia, aprenderás algo más sobre el sistema de trenes, su funcionamiento y tecnicismos. Naoto adora los trenes más que nada, pero entiende que los clientes merecen viajar con seguridad.
Haruka se inspira en él, y constantemente se muestra preocupada por su seguridad, por otroa parte, Aoi empieza a sentirse atraída por él, pero decide no mostrar sus sentimientos.
Como equipo, enfrentan todo tipo de peligros, se transformarán en un gran equipo, capaces de sacrificarse para resolver los problemas.
(レールウォーズ)