Es el año 2067, y ya pasaron más de cincuenta años desde que la humanidad se aventuró hacia el espacio para evitar su extinción.
En una remota parte de la galaxia, algo está ocurriendo. Un extraño síndrome ataca a los seres vivos y los enloquece. Ahora, las personas están asustadas, y tales hechos pueden ocurrir en cualquier momento y lugar.
Para controlar el problema, se ha desplegado una unidad especial o Walkure. Y es que, debido a la extraña infección con el Síndrome Var, los afectados pueden ser controlados a través de distintas melodías. Walkure se conforma con talentosas artistas, que interpretan su repertorio mientras son apoyadas en acción por talentosos pilotos.
Por lo pronto, Hayate Immelmann ha perdido su empleo, pero antes de abandonar la nave en la que viajaba encuentra algo interesante. O más bien a alguien, Freyja Wion se infiltró en la carga y al ser descubierta intenta escapar.
Freyja escapó de su pueblo natal para evitar un matrimonio arreglado, y su sueño es el de unirse al grupo de ídolos de Walkure. Está un poco lejos de su destino, pero la suerte parece estar de su lado, ya que el Pelotón Delta lleva a cabo una operación en el planeta donde se encuentra.
En un instante, se puede escuchar una extraña canción, de repente, en una base Zentradi comienza el caos. Hayate y Freyja quedan en medio del enfrentamiento e intentan ocultarse. Mientras tanto, aparecen las cantantes de Walkure e intentan controlar la situación.
Todo aparenta estar bajo control, pero aparecen nuevos enemigos desde el espacio. Estos destruyen parte de la flota Delta y se dirigen al planeta. Su objetivo es el de destruir a los miembros del equipo Walkure.
De forma inesperada, Hayate y Freyja terminan uniéndose a la batalla. Por lo pronto, algo importante está por suceder, y ambos serán parte del suceso.
(マクロスΔ[デルタ])
