Es el año 1889, y la humanidad ha avanzado enormemente gracias a la Revolución Industrial. Hoy, Jean navega cerca de París, donde se lleva a cabo la Exposición Universal.
Él es un adolescente muy inteligente, apasionado por el aprendizaje y la ciencia. Ha venido a la Expo a participar con su prototipo de máquina voladora. Gracias a su padre, capitán de un barco mercante, ha podido estudiar e invertir en muchos inventos.
Ahora, los océanos no son seguros, enormes monstruos esperan y los barcos ya no son seguros. Por lo que Jean espera a su padre con la esperanza de que esté a salvo.
El tío de Jean ya está en París preparando la exposición, el premio es grande y lo quieren.
Mientras se preparan, Jean ve a una joven, llamada Nadia, andar en bicicleta. No está sola, un león bebé la abraza. La curiosidad de Jean lo obliga a seguirla.
Por otro lado, está Nadia, quien ha vivido hasta ahora gracias a su talento circense. Ella posee una piedra rara y hermosa, y últimamente, un trío de ladrones comandados por la Señorita Grandis la ha acosado.
En lo alto de un edificio, Nadia se pregunta a qué lugar pertenece, y Jean la sorprende, quien está muy interesado en ella y su peludo compañero. Ella prefiere no interactuar con el chico, pero Grandis aparece y le exige que le dé la joya, conocida como Agua Azul.
Jean da un paso adelante, lo que les permite escapar. Un poco más tarde, imagina que ella podría trabajar en el circo y decide buscarla. Sin embargo, Grandis también está allí y negocia con el dueño del circo para venderle a Nadia.
Una vez más, Jean ayuda a Nadia, pero en un momento aparece un vehículo extraño y un enorme brazo robótico se lleva a Nadia. Después de eso, increíblemente, el vehículo se transforma y comienza a volar.
Jean no se da por vencido y corre hacia su tío, quien ya tenía listo el prototipo volador para realizar una prueba. Sin dudarlo, Jean salta dentre y vuela para salvar a Nadia.
Ambos niños pueden escapar, Jean le dice que se quede con él, preguntándose si su tía y su tío la ayudarán. Juntos, comienzan un viaje para encontrar el lugar al que pertenece Nadia y buscar al padre de Jean, perdido en el mar.
(ふしぎの海のナディア)
