En un futuro en el que los viajes espaciales son una realidad, la humanidad ha comenzado a conquistar el espacio. Como resultado, diversas bases se han establecido en distintos planetas del sistema solar.
En Marte, una inmensa compañía, Kirishina Corp., ha invertido para abrir una academia de alta tecnología y desarrollo, conocida como A-TEC.
En A-TEC, han reunido a los mejores estudiantes para desarrollar las nuevas tecnologías que llevarán a la humanidad al espacio profundo. Ahí, Kaito Sera es un ingeniero experto y maestro. Su sueño siempre fue el de volar, pero ahora está contento ya que pasa su tiempo desarrollando un prototipo para un nuevo cohete.
Un día, llegan malas noticias, un estudiante de intercambio ha sido secuestrado, y parece que puede acabar muerto si no se entrega una cantidad de dinero en efectivo al finalizar el día.
Mientras tanto, Kaito presume los avances de su prototipo, el X-2, al presidente de la academia. Pero al descubrir que uno de sus alumnos está en peligro, comienza a planear una misión de rescate.
Kaito planea usar el X-2, pero antes de que lo intente, su mejor pilote, Iris Shirasaki se le adelante. La piloto tiene dificultades, pero es capaz de alcanzar su meta y cumplir con su misión. Desafortunadamente, el X-2, y los millones que se invirtieron se han perdido.
El nuevo estudiante termina siendo Nagisa Kiryuu, el menor de los hermanos al frente de la Kirishina Corp. En otras palabras, es el jefe, y ha sido llevado a Marte para terminar con el proyecto detrás de A-TEC.
(クラスルーム☆クライシス)