Abordo de una nave civil, una chica llamada Sheeta es escoltada por agentes, bajo el mando del Coronel Muska, hacia un destino incierto.
La nave es atacada por un grupo de piratas aéreos bajo el comando de una vieja aventurera llamada Dola y sus hijos, Charles, Louis y Henri. En la conmoción que se genera mientras los hombres de Muska y Dola pelean, Sheeta toma un pequeño pendiente de Muska y escapa a través de una ventana.
Los piratas aéreos intentan detener a Sheeta y al pendiente, pero ella cae de la nave. Mientras cae, una luz comienza a emanar del pendiente y Sheeta comienza a flotar gentilmente hacia el suelo.
Abajo, un aprendiz de minero llamado Pazu observa esto y atrapa a Sheeta. Pazu invita a Sheeta a su casa, donde ella ve la fotografía de la ciudad flotante conocida como Laputa, anteriormente, el padre de Pazu -ahora fallecido- había sido un piloto y en uno de sus viajes tomó la foto a la ciudad. Pazu cree que la ciudad existe en verdad, y desea encontrarla.
Entre tanto, los piratas aéreos de Dola llegan a la caza de Pazu, forzando a los chicos a abandonar la vivienda. Sheeta se disfraza e intenta pasar inadvertida, pero los piratas de Dola los persiguen.
Nuevamente hay un enfrentamiento y el pendiente de Sheeta vuelve a activarse, lo cual permite que personas de ambos bandos salven la vida y caigan suavemente dentro de una mina abandonada.
En el interior de las minas, los chicos encuentran a un viejo minero, el Tío Pomme, quien les cuenta la historia de una piedra especial, que permite a su dueño flotar. Según el Tío Pomme, este tipo de piedra es lo que mantiene a flote a la ciudad de Laputa.
El Tío Pom se da cuenta de que el pendiente de Sheeta es una de esas piedras, y le pide recordar que su poder le pertenece a la tierra y que no debe ser usado para generar violencia.
Al subir a la superficie, Sheeta le comenta a Pazu que ella heredó un nombre especial, Lusheeta Toel Ul Laputa. Ahora los chicos intentarán llegar a la ciudad flotante de Laputa.
(天空の城ラピュタ)
