De forma inesperada, la humanidad enfrenta el repentino aumento en el nivel de los oceanos.
Alrededor del mundo ocurren todo tipo de desastres debido a esto, y entre las víctimas está Natsuki, quien termina perdiendo a su madre, mientras una pared le destroza una pierna.
Años después, el único patrimonio que le queda a Natsuki es un viejo barco y un submarino que su abuela, una oceanógrafa, utilizaba en sus investigaciones.
Pero además, para su mala fortuna, también heredo sus deudas, y Catherine, una cobradora, no deja de recordárselo.
Un día, Catherine llega con él con un proposición, cuentan que en el laboratorio de su abuela, ahora sumergido en el mar, podría haber un tesoro, el cual podría sacarlos a ambos de apuros.
Catherine convence a Natsuki que use el submarino e intente encontrar el tesoro, y aunque Minamo, una de sus amigas de la infancia, se opone, también termina ayudándolos en su expedición.
Natsuki sigue padeciendo los trastornos psicológicos de la tragedia, pero aún así sumerge el submarino en el océano.
Una vez en el laboratorio de su abuela, Natsuki descubre una cápsula, y en su interior observa el cuerpo de una chica.
Al acercarse, el movimiento activa algo y de repente la chica abre los ojos, sorprendiendo a Natsuki, quien hace un movimiento brusco y termina atrapado, al tiempo que recuerda cuando perdió su pierna.
Sorprendentemente, la chica nada hacia él y le ayuda a recuperar el submarino para ascender a la superficie.
Atri, como se hace llamar, es un robot programado por sus familiares. Para Catherine es una oportunidad fácil de hacer dinero, pero para Natsuki podría ser más que un recuerdo.
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